2017年7月，市委市政府决定调整密云区部分土地纳入怀柔科学城范围，空间面积达到100.9平方公里，其中，密云区域约32.7平方公里，北至京密引水渠、南至101国道，西至怀柔界、东至规划城西路。

怀柔科学城东区主要聚焦地球系统科学、医药与健康两大方向，布局重大科技基础设施、科技研发平台、研究型大学（学院）、成果转化服务，配套居住、综合服务等功能。规划依托西统路科学智慧发展轴，打造云西活力中心、云西智港（统军庄站微中心）两个中心以及基础创新集聚区、更新活力提升区和综合创新发展区三个功能区。集聚中国科学院、清华大学、北京大学等科研院所，依托大科学装置及科研资源，重点发展环境科学、医药健康、科技服务等产业。

怀柔科学城东区（密云区域）约32.7平方公里，北至京密引水渠、南至101国道，西至怀柔界、东至规划城西路。

科学城东区是怀密联动、融合发展的关键区域，重点围绕地球系统科学、医药与健康方向，以顶尖科研机构及大学为带动，依托西统路科学智慧发展轴，紧密结合轨道微中心建设，打造创新链条完整、高端要素集聚、生活服务完善、文化魅力突出的创新提升发展示范区。